نوع سیستم مورد استفاده در یک موسسه تولیدی به ماهیت عملیات تولید بستگی دارد. هر دو سیستم به طور گسترده مورد استفاده قرار می گیرند و حتی مکن است یک موسسه برای برخی از محصولات خود از سیستم هزینه یابی سفارش کار و برای برخی دیگر از سیستم هزینه یابی مرحله ای استفاده کند. نرم افزار حسابداری در بسیاری از شرایط می تواند کمک خوبی برای گردآوری اطلاعات و گرفتن گزارش های کاربردی باشد.